### R code from vignette source 'geneXtendeR.Rnw'

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### code chunk number 1: <style-Sweave
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BiocStyle::latex()


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### code chunk number 2: geneXtendeR.Rnw:35-39
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## try http:// if https:// URLs are not supported
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("geneXtendeR")
library(geneXtendeR)


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### code chunk number 3: geneXtendeR.Rnw:44-46 (eval = FALSE)
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## rat <- readGFF("ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-84/gtf/
##                       rattus_norvegicus/Rattus_norvegicus.Rnor_6.0.84.chr.gtf.gz")


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### code chunk number 4: geneXtendeR.Rnw:53-54
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peaksInput("somepeaksfile.txt")


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### code chunk number 5: geneXtendeR.Rnw:63-64
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barChart(rat, 0, 10000, 500)


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### code chunk number 6: geneXtendeR.Rnw:75-76
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linePlot(rat, 0, 10000, 500)


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### code chunk number 7: geneXtendeR.Rnw:85-86
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linePlot(rat, 2000, 3000, 100)


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### code chunk number 8: geneXtendeR.Rnw:96-97
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distinct(rat, 2300, 2400)


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### code chunk number 9: geneXtendeR.Rnw:115-116
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linePlot(rat, 7000, 8500, 100)


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### code chunk number 10: geneXtendeR.Rnw:126-127
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distinct(rat, 8000, 8200)


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### code chunk number 11: geneXtendeR.Rnw:137-138
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linePlot(rat, 0, 10000, 500)


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### code chunk number 12: geneXtendeR.Rnw:145-146
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annotate(rat, 3000)