### R code from vignette source 'RedeR.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style ################################################### BiocStyle::latex() ################################################### ### code chunk number 2: Main call ################################################### library (RedeR) rdp <- RedPort() ################################################### ### code chunk number 3: Main call (eval = FALSE) ################################################### ## calld(rdp) ################################################### ### code chunk number 4: Add graph ################################################### library (igraph) g1 <- graph.lattice(c(5,5,5)) addGraph( rdp, g1, layout.kamada.kawai(g1) ) ################################################### ### code chunk number 5: Get graph ################################################### g2 <- getGraph(rdp) resetd(rdp) ################################################### ### code chunk number 6: Build subgraphs ################################################### g3 <- barabasi.game(10) g4 <- barabasi.game(10) V(g3)$name<-paste("sn",1:10,sep="") V(g4)$name<-paste("sm",1:10,sep="") addGraph(rdp, g3, isNest =TRUE, gcoord=c(25,25), gscale=50) addGraph(rdp, g4, isNest =TRUE, gcoord=c(75,75), gscale=50) ################################################### ### code chunk number 7: Get subgraph ################################################### selectNodes(rdp,"N0") g5 <- getGraph(rdp, status= "selected") resetd(rdp) ################################################### ### code chunk number 8: Build scale-free graph and send to the app ################################################### g6 <- barabasi.game(500) addGraph(rdp, g6, zoom=20) ################################################### ### code chunk number 9: Start relax ################################################### relax(rdp,p2=400,p5=30,ps=T) ################################################### ### code chunk number 10: Map clic communities ################################################### g <- getGraph(rdp, status= "selected") if(vcount(g)>0)plot(degree.distribution(g), xlab = "k", ylab = "P(k)", pch=19) resetd(rdp) ################################################### ### code chunk number 11: Workflow 1: get a dataframe and an interactome ################################################### data(ER.limma) data(hs.inter) dt <- ER.limma gi <- hs.inter ################################################### ### code chunk number 12: Workflow 1: extract a subgraph and set attributes to RedeR ################################################### gt3 <- subg(g=gi, dat=dt[dt$degenes.t3!=0,], refcol=1) gt3 <- att.setv(g=gt3, from="Symbol", to="nodeAlias") gt3 <- att.setv(g=gt3, from="logFC.t3", to="nodeColor", breaks=seq(-2,2,0.4), pal=2) ################################################### ### code chunk number 13: Workflow 1: extract another subgraph and set attributes to RedeR ################################################### gt6 <- subg(g=gi, dat=dt[dt$degenes.t6!=0,], refcol=1) gt6 <- att.setv(g=gt6, from="Symbol", to="nodeAlias") gt6 <- att.setv(g=gt6, from="logFC.t6", to="nodeColor", breaks=seq(-2,2,0.4), pal=2) ################################################### ### code chunk number 14: Workflow 1: extract another subgraph and set attributes to RedeR ################################################### gt12 <- subg(g=gi, dat=dt[dt$degenes.t12!=0,], refcol=1) gt12 <- att.setv(g=gt12, from="Symbol", to="nodeAlias") gt12 <- att.setv(g=gt12, from="logFC.t12", to="nodeColor", breaks=seq(-2,2,0.4), pal=2) ################################################### ### code chunk number 15: Workflow 1: add subgraphs to the app ################################################### addGraph(rdp, gt3, gcoord=c(10,25), gscale=20, isNest=TRUE, theme='tm1', zoom=30) addGraph(rdp, gt6, gcoord=c(20,70), gscale=50, isNest=TRUE, theme='tm1', zoom=30) addGraph(rdp, gt12, gcoord=c(70,55), gscale=80, isNest=TRUE, theme='tm1', zoom=30) ################################################### ### code chunk number 16: Workflow 1: nest subgraphs ################################################### nestNodes(rdp, nodes=V(gt3)$name, parent="N1", theme='tm2') nestNodes(rdp, nodes=V(gt6)$name, parent="N2", theme='tm2') nestNodes(rdp, nodes=V(gt3)$name, parent="N4", theme='tm3') ################################################### ### code chunk number 17: Workflow 1: assign edges to containers ################################################### mergeOutEdges(rdp) ################################################### ### code chunk number 18: Workflow 1: relax the network ################################################### relax(rdp,50,400) ################################################### ### code chunk number 19: Workflow 1: add a color legend (other types are available) ################################################### scl <- gt3$legNodeColor$scale leg <- gt3$legNodeColor$legend addLegend.color(rdp, colvec=scl, labvec=leg, title="node color (logFC)") ################################################### ### code chunk number 20: Workflow 1: select a gene ################################################### selectNodes(rdp,"RET") ################################################### ### code chunk number 21: Workflow 1: reset graph ################################################### resetd(rdp) ################################################### ### code chunk number 22: get a dataframe and an igraph object ################################################### data(ER.deg) dt <- ER.deg$dat sg <- ER.deg$ceg ################################################### ### code chunk number 23: Workflow 2: map the dataframe to the graph ################################################### sg <- att.mapv(sg, dat=dt, refcol=1) ################################################### ### code chunk number 24: Workflow 2: set attributes to RedeR ################################################### sg <- att.setv(sg, from="Symbol", to="nodeAlias") sg <- att.setv(sg, from="logFC.t3", to="nodeColor", breaks=seq(-1,1,0.2), pal=2) sg <- att.setv(sg, from="ERbdist", to="nodeSize", nquant=10, isrev=TRUE, xlim=c(5,40,1)) ################################################### ### code chunk number 25: Workflow 2: add graph to the app ################################################### addGraph(rdp,sg) ################################################### ### code chunk number 26: Workflow 2: compute a hierarchical clustering using standard R functions ################################################### hc <- hclust(dist(get.adjacency(sg, attr="weight"))) ################################################### ### code chunk number 27: Workflow 2: map the hclust object onto the network ################################################### nesthc(rdp,hc, cutlevel=3, nmemb=5, cex=0.3, labels=V(sg)$nodeAlias) ################################################### ### code chunk number 28: Workflow 2: assign edges to containers ################################################### mergeOutEdges(rdp,nlev=2) ################################################### ### code chunk number 29: Workflow 2: relax the network ################################################### relax(rdp) ################################################### ### code chunk number 30: Workflow 2: add color legend ################################################### scl <- sg$legNodeColor$scale leg <- sg$legNodeColor$legend addLegend.color(rdp, colvec=scl, labvec=leg, title="diff. gene expression (logFC)") ################################################### ### code chunk number 31: Workflow 2: add node size legend ################################################### scl <- sg$legNodeSize$scale leg <- sg$legNodeSize$legend addLegend.size(rdp, sizevec=scl, labvec=leg, title="bd site distance (kb)") ################################################### ### code chunk number 32: Workflow 2: reset graph ################################################### resetd(rdp) ################################################### ### code chunk number 33: Session information ################################################### print(sessionInfo(), locale=FALSE)