### R code from vignette source 'Rbowtie-Overview.Rnw'

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### code chunk number 1: options
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options(width=65)


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### code chunk number 2: cite
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citation("Rbowtie")


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### code chunk number 3: install (eval = FALSE)
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## source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
## biocLite("Rbowtie")


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### code chunk number 4: loadLibraries
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library(Rbowtie)


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### code chunk number 5: bowtieBuildUsage
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bowtie_build_usage()


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### code chunk number 6: bowtieBuild
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refFiles <- dir(system.file(package="Rbowtie", "samples", "refs"), full=TRUE)
indexDir <- file.path(tempdir(), "refsIndex")

tmp <- bowtie_build(references=refFiles, outdir=indexDir, prefix="index", force=TRUE)
head(tmp)


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### code chunk number 7: bowtieBuildUsage
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bowtie_usage()


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### code chunk number 8: bowtie
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readsFiles <- system.file(package="Rbowtie", "samples", "reads", "reads.fastq")
samFiles <- file.path(tempdir(), "alignments.sam")

bowtie(sequences=readsFiles, 
       index=file.path(indexDir, "index"), 
       outfile=samFiles, sam=TRUE,
       best=TRUE, force=TRUE)
strtrim(readLines(samFiles), 65)


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### code chunk number 9: SpliceMap
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readsFiles <- system.file(package="Rbowtie", "samples", "reads", "reads.fastq")
refDir <- system.file(package="Rbowtie", "samples", "refs", "chr1.fa")
indexDir <- file.path(tempdir(), "refsIndex")
samFiles <- file.path(tempdir(), "splicedAlignments.sam")

cfg <- list(genome_dir=refDir,
            reads_list1=readsFiles,
            read_format="FASTQ",
            quality_format="phred-33",
            outfile=samFiles,
            temp_path=tempdir(),
            max_intron=400000,
            min_intron=20000,
            max_multi_hit=10,
            seed_mismatch=1,
            read_mismatch=2,
            num_chromosome_together=2,
            bowtie_base_dir=file.path(indexDir, "index"),
            num_threads=4,
            try_hard="yes",
            selectSingleHit=TRUE)
res <- SpliceMap(cfg)
res
strtrim(readLines(samFiles), 65)


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### code chunk number 10: sessionInfo
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sessionInfo()