### R code from vignette source 'vignettes/phyloseq/inst/doc/phyloseq_basics.Rnw'

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### code chunk number 1: phyloseq_basics.Rnw:79-80 (eval = FALSE)
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## vignette("phyloseq_analysis")


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### code chunk number 2: load-packages
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  library("phyloseq")


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### code chunk number 3: phyloseq_basics.Rnw:205-206 (eval = FALSE)
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##   myOTU1 <- import_RDP_cluster("path/to/my/filename.clust")


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### code chunk number 4: phyloseq_basics.Rnw:228-232 (eval = FALSE)
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##   data(GlobalPatterns)
##   data(esophagus)
##   data(enterotype)
##   data(soilrep) 


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### code chunk number 5: phyloseq_basics.Rnw:245-247
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  data(GlobalPatterns)
  GlobalPatterns


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### code chunk number 6: phyloseq_basics.Rnw:287-291 (eval = FALSE)
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## otu1 <- otu_table(raw_abundance_matrix, taxa_are_rows=FALSE)
## sam1 <- sample_data(raw_sample_data.frame) 
## tax1 <- tax_table(raw_taxonomy_matrix)
## tre1 <- read.nexus(my_nexus_file)


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### code chunk number 7: phyloseq_basics.Rnw:296-297 (eval = FALSE)
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## ex1b <- phyloseq(my_otu_table, my_sample_data, my_taxonomyTable, my_tree)


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### code chunk number 8: phyloseq_basics.Rnw:301-302 (eval = FALSE)
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## ex1c <- phyloseq(my_otu_table, my_sample_data)


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### code chunk number 9: phyloseq_basics.Rnw:378-379
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topN <- 20


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### code chunk number 10: phyloseq_basics.Rnw:382-385
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data(GlobalPatterns)
most_abundant_taxa <- sort(taxa_sums(GlobalPatterns), TRUE)[1:topN]
ex2 <- prune_taxa(names(most_abundant_taxa), GlobalPatterns)


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### code chunk number 11: phyloseq_basics.Rnw:391-393
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topFamilies <- tax_table(ex2)[, "Family"]
as(topFamilies, "vector")


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### code chunk number 12: phyloseq_basics.Rnw:405-411 (eval = FALSE)
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## testOTU <- otu_table(matrix(sample(1:50, 25, replace=TRUE), 5, 5), taxa_are_rows=FALSE)
## f1  <- filterfun_sample(topk(2))
## wh1 <- genefilter_sample(testOTU, f1, A=2)
## wh2 <- c(T, T, T, F, F)
## prune_taxa(wh1, testOTU)
## prune_taxa(wh2, testOTU)


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### code chunk number 13: phyloseq_basics.Rnw:415-420
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data(GlobalPatterns)
f1  <- filterfun_sample(topp(0.1))
wh1 <- genefilter_sample(GlobalPatterns, f1, A=(1/2*nsamples(GlobalPatterns)))
sum(wh1)
ex2 <- prune_taxa(wh1, GlobalPatterns)


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### code chunk number 14: phyloseq_basics.Rnw:423-424
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  print(ex2)


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### code chunk number 15: phyloseq_basics.Rnw:431-436 (eval = FALSE)
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## data(GlobalPatterns)
## f1  <- filterfun_sample(topf(0.9))
## wh1 <- genefilter_sample(GlobalPatterns, f1, A=(1/3*nsamples(GlobalPatterns)))
## sum(wh1)
## prune_taxa(wh1, GlobalPatterns)


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### code chunk number 16: phyloseq_basics.Rnw:457-465
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data("enterotype")
library("genefilter")
flist    <- filterfun(kOverA(5, 2e-05))
ent.logi <- filter_taxa(enterotype, flist)
ent.trim <- filter_taxa(enterotype, flist, TRUE)
identical(ent.trim, prune_taxa(ent.logi, enterotype)) 
identical(sum(ent.logi), ntaxa(ent.trim))
filter_taxa(enterotype, flist, TRUE)


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### code chunk number 17: phyloseq_basics.Rnw:470-471
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ex3 <- subset_samples(GlobalPatterns, SampleType%in%c("Freshwater", "Ocean", "Freshwater (creek)"))


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### code chunk number 18: phyloseq_basics.Rnw:474-475
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ex3


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### code chunk number 19: phyloseq_basics.Rnw:481-482
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subset(sample_data(GlobalPatterns), SampleType%in%c("Freshwater", "Ocean", "Freshwater (creek)"))


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### code chunk number 20: phyloseq_basics.Rnw:488-489
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ex4 <- subset_taxa(GlobalPatterns, Phylum=="Firmicutes")


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### code chunk number 21: phyloseq_basics.Rnw:492-493
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ex4


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### code chunk number 22: phyloseq_basics.Rnw:499-501
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randomSpecies100 <- sample(taxa_names(GlobalPatterns), 100, replace=FALSE)
ex5 <- prune_taxa(randomSpecies100, GlobalPatterns)


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### code chunk number 23: phyloseq_basics.Rnw:511-513 (eval = FALSE)
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## data(GlobalPatterns)
## ex2 <- transform_sample_counts(GlobalPatterns, I)


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### code chunk number 24: phyloseq_basics.Rnw:520-521
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ex4  <- transform_sample_counts(GlobalPatterns, threshrankfun(500))


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### code chunk number 25: phyloseq_basics.Rnw:532-533 (eval = FALSE)
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## ex6 <- tax_glom(GlobalPatterns, taxlevel="Genus")


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### code chunk number 26: phyloseq_basics.Rnw:539-540 (eval = FALSE)
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## ex7 <- tip_glom(GlobalPatterns, speciationMinLength = 0.05)


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### code chunk number 27: phyloseq_basics.Rnw:599-603 (eval = FALSE)
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##   install.packages("doParallel")
##   install.packages("doMC")
##   install.packages("doSNOW")
##   install.packages("doMPI")