### R code from vignette source 'vignettes/mzR/inst/doc/mzR.Rnw'

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### code chunk number 1: open the file
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library(mzR)
library(msdata)

mzxml <- system.file("threonine/threonine_i2_e35_pH_tree.mzXML", 
                     package = "msdata")
aa <- openMSfile(mzxml)


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### code chunk number 2: get header information
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runInfo(aa)
instrumentInfo(aa)
header(aa,1)


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### code chunk number 3: plotspectrum
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pl <- peaks(aa,10)
peaksCount(aa,10)
head(pl)
plot(pl[,1], pl[,2], type="h", lwd=1)


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### code chunk number 4: close the file
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close(aa)


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### code chunk number 5: sessioninfo
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  toLatex(sessionInfo())