### R code from vignette source 'vignettes/eisa/inst/doc/EISA_biclust.Rnw'

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### code chunk number 1: set width
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options(width=60)
options(continue=" ")
try(X11.options(type="xlib"), silent=TRUE)


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### code chunk number 2: packages
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library(biclust)
library(eisa)
library(ALL)
data(ALL)


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### code chunk number 3: filter
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library(GO.db)
library(hgu95av2.db)
gotable <- toTable(GOTERM)
myterms <- unique(gotable$go_id[gotable$Term %in% c("immune system process")])
myprobes <- unique(unlist(mget(myterms, hgu95av2GO2ALLPROBES)))
ALL.filtered <- ALL[myprobes,]


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### code chunk number 4: filtered
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nrow(ALL.filtered)


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### code chunk number 5: seed
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set.seed(0xf00)


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### code chunk number 6: bcplaid
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Bc <- biclust(exprs(ALL.filtered), BCPlaid(),
              fit.model = ~m + a + b, verbose = FALSE)


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### code chunk number 7: bcplaid result
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class(Bc)
Bc


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### code chunk number 8: convert bc to isa
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Bc <- annotate(Bc, ALL.filtered)
modules <- as(Bc, "ISAModules")
modules


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### code chunk number 9: biclust enrichment
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library(KEGG.db)
KEGG <- ISAKEGG(modules)
sigCategories(KEGG)[[2]]
unlist(mget(sigCategories(KEGG)[[2]], KEGGPATHID2NAME))


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### code chunk number 10: heatmap (eval = FALSE)
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## col <- ifelse(grepl("^B", ALL.filtered$BT), "white", "black")
## modcol <- col[ getSamples(modules, 2)[[1]] ]
## ISA2heatmap(modules, 2, ALL.filtered, 
##             ColSideColors=modcol)


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### code chunk number 11: heatmap-real
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col <- ifelse(grepl("^B", ALL.filtered$BT), "white", "black")
modcol <- col[ getSamples(modules, 2)[[1]] ]
ISA2heatmap(modules, 2, ALL.filtered, 
            ColSideColors=modcol)


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### code chunk number 12: profilePlot (eval = FALSE)
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## profilePlot(modules, 2, ALL, plot="both")


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### code chunk number 13: profilePlot-real
###################################################
profilePlot(modules, 2, ALL, plot="both")


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### code chunk number 14: psoptions
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ps.options(fonts=c("serif", "mono"))


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### code chunk number 15: GOtreeplot (eval = FALSE)
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## library(GO.db)
## GO <- ISAGO(modules)
## gog <- gograph(summary(GO$CC)[[2]])
## summary(gog)
## gographPlot(gog)


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### code chunk number 16: GOtreeplot-real
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library(GO.db)
GO <- ISAGO(modules)
gog <- gograph(summary(GO$CC)[[2]])
summary(gog)
gographPlot(gog)


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### code chunk number 17: html
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CHR <- ISACHR(modules)
htmldir <- tempdir()
ISAHTML(eset=ALL.filtered, modules=modules, target.dir=htmldir, 
        GO=GO, KEGG=KEGG, CHR=CHR, condPlot=FALSE)


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### code chunk number 18: html-show (eval = FALSE)
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## if (interactive()) {
##   browseURL(URLencode(paste("file://", htmldir, "/index.html", sep="")))
## }


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### code chunk number 19: mnplot (eval = FALSE)
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## group <- ifelse(grepl("^B", ALL.filtered$BT), "B-cell", "T-cell")
## ISAmnplot(modules, 2, ALL.filtered, norm="raw", group=group)


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### code chunk number 20: mnplot-real
###################################################
group <- ifelse(grepl("^B", ALL.filtered$BT), "B-cell", "T-cell")
ISAmnplot(modules, 2, ALL.filtered, norm="raw", group=group)


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### code chunk number 21: load isa data
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data(ALLModules)
ALLModules


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### code chunk number 22: isa to biclust
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BcMods <- as(ALLModules, "Biclust")
BcMods


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### code chunk number 23: coherence
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data <- exprs(ALL[featureNames(ALLModules),])
constantVariance(data, BcMods, 1)
additiveVariance(data, BcMods, 1)
multiplicativeVariance(data, BcMods, 1)
signVariance(data, BcMods, 1)


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### code chunk number 24: coherence vs robustness
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cV <- sapply(1:BcMods@Number, function(x) constantVariance(data, BcMods, x))
aV <- sapply(1:BcMods@Number, function(x) additiveVariance(data, BcMods, x))
mV <- sapply(1:BcMods@Number, function(x) multiplicativeVariance(data, BcMods, x))
sV <- sapply(1:BcMods@Number, function(x) signVariance(data, BcMods, x))
rob <- ISARobustness(ALL, ALLModules)


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### code chunk number 25: pairs (eval = FALSE)
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## panel.low <- function(x, y) {
##   usr <- par("usr")
##   m <- c((usr[2]+usr[1])/2, (usr[4]+usr[3])/2)
##   text(m[1], m[2], adj=c(1/2,1/2), cex=1.5,
##        paste(sep="\n", "Correlation:", round(cor(x,y),2)))
## }
## pairs( cbind(cV, aV, mV, sV, rob), lower.panel=panel.low )


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### code chunk number 26: pairs-real
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panel.low <- function(x, y) {
  usr <- par("usr")
  m <- c((usr[2]+usr[1])/2, (usr[4]+usr[3])/2)
  text(m[1], m[2], adj=c(1/2,1/2), cex=1.5,
       paste(sep="\n", "Correlation:", round(cor(x,y),2)))
}
pairs( cbind(cV, aV, mV, sV, rob), lower.panel=panel.low )


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### code chunk number 27: sessioninfo
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toLatex(sessionInfo())