### R code from vignette source 'vignettes/codelink/inst/doc/codelink.Rnw'
### Encoding: UTF-8

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### code chunk number 1: input (eval = FALSE)
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## # NOT RUN #
## library(codelink)
## foo <- readCodelink()
## summaryFlag(foo) # will show a summary of flag values.
## # NOT RUN #


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### code chunk number 2: data
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data(codelink.example)

codelink.example


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### code chunk number 3: input-flag (eval = FALSE)
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## foo <- readCodelink(flag = list(M = 0.01) )


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### code chunk number 4: bkgcorrect (eval = FALSE)
###################################################
## foo <- bkgdCorrect(foo, method = "half")


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### code chunk number 5: normalize (eval = FALSE)
###################################################
## foo <- normalize(foo, method = "quantiles")


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### code chunk number 6: plotMA
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plotMA(codelink.example)


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### code chunk number 7: plotDensity
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plotDensities(codelink.example)


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### code chunk number 8: image (eval = FALSE)
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## imageCodelink(foo)
## imageCodelink(foo, what = "snr")


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### code chunk number 9: createWeights
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w <- createWeights(codelink.example, type = list(FIDUCIAL = 0.01, NEGATIVE = 
0.1))

w[1:10,]


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### code chunk number 10: merge (eval = FALSE)
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## foo <- mergeArray(foo, class = c(1, 1, 2, 2), names = c("A", "B"))
## plotCV(foo)


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### code chunk number 11: read-fix (eval = FALSE)
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## foo <- readCodelink(fix = TRUE)


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### code chunk number 12: read-codelinkSet (eval = FALSE)
###################################################
## foo <- readCodelinkSet()