### R code from vignette source 'vignettes/SCAN.UPC/inst/doc/SCAN.vignette.Rnw'
### Encoding: UTF-8

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### code chunk number 1: setup
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## do work in temporary directory
pwd <- setwd(tempdir())


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### code chunk number 2: SCAN.vignette.Rnw:71-73
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celFilePath = "Vignette_Example.CEL.gz"
download.file("http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSM555237&format=file&file=GSM555237%2ECEL%2Egz", celFilePath, mode="wb")


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### code chunk number 3: SCAN.vignette.Rnw:80-82
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library(SCAN.UPC)
normalized = SCAN(celFilePath)


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### code chunk number 4: SCAN.vignette.Rnw:91-92
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normalized = SCAN(celFilePath, outFilePath="output_file.txt")


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### code chunk number 5: download-brainarray (eval = FALSE)
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## download.file("http://brainarray.mbni.med.umich.edu/Brainarray/Database/CustomCDF/15.0.0/entrezg.download/hgu95ahsentrezgprobe_15.0.0.tar.gz", "hgu95ahsentrezgprobe_15.0.0.tar.gz", mode="wb")
## install.packages("hgu95ahsentrezgprobe_15.0.0.tar.gz", repos=NULL, type="source")
## library(hgu95ahsentrezgprobe)


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### code chunk number 6: scan-brainarray (eval = FALSE)
###################################################
## normalized = SCAN(celFilePath, probeSummaryPackage=hgu95ahsentrezgprobe)


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### code chunk number 7: SCAN.vignette.Rnw:116-117
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unlink(c(celFilePath, "output_file.txt", "hgu95ahsentrezgprobe_15.0.0.tar.gz"))


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### code chunk number 8: cleanup
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setwd(pwd)