### R code from vignette source 'vignettes/ReactomePA/inst/doc/ReactomePA.Rnw'

###################################################
### code chunk number 1: options
###################################################
options(width=60)
require(ReactomePA)


###################################################
### code chunk number 2: load sample data
###################################################
require(ReactomePA)
data(sample)
sample
x <- enrichPathway(gene=sample,pvalueCutoff=0.05, qvalueCutoff=0.05, readable=T)
head(summary(x))


###################################################
### code chunk number 3: <category net plot (eval = FALSE)
###################################################
## plot(x, showCategory=5)


###################################################
### code chunk number 4: ReactomePA.Rnw:150-151
###################################################
sessionInfo()


