### R code from vignette source 'vignettes/RankProd/inst/doc/RankProd.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: RankProd.Rnw:79-80 ################################################### library(RankProd) ################################################### ### code chunk number 2: RankProd.Rnw:84-85 ################################################### data(arab) ################################################### ### code chunk number 3: RankProd.Rnw:101-104 ################################################### n <- 5 cl <- rep(1,5) cl ################################################### ### code chunk number 4: RankProd.Rnw:110-114 ################################################### n1 <- 5 n2 <- 4 cl <- rep(c(0,1),c(n1,n2)) cl ################################################### ### code chunk number 5: RankProd.Rnw:123-129 ################################################### n1 <- 5 n2 <- 4 cl <- rep(c(0,1),c(n1,n2)) cl origin <- rep(1, n1+n2) origin ################################################### ### code chunk number 6: RankProd.Rnw:133-138 ################################################### n <- 9 cl <- rep(1,n) cl origin <- rep(1, n) origin ################################################### ### code chunk number 7: RankProd.Rnw:147-149 ################################################### origin <- c(rep(1, 6), rep(2,4), rep(3,8)) origin ################################################### ### code chunk number 8: RankProd.Rnw:157-160 ################################################### colnames(arab) arab.cl arab.origin ################################################### ### code chunk number 9: RankProd.Rnw:170-173 ################################################### arab.sub <- arab[,which(arab.origin==1)] arab.cl.sub <- arab.cl[which(arab.origin==1)] arab.origin.sub <- arab.origin[which(arab.origin==1)] ################################################### ### code chunk number 10: RankProd.Rnw:176-178 ################################################### RP.out <- RP(arab.sub,arab.cl.sub, num.perm=100, logged=TRUE, na.rm=FALSE,plot=FALSE, rand=123) ################################################### ### code chunk number 11: RankProd.Rnw:208-209 ################################################### plotRP(RP.out, cutoff=0.05) ################################################### ### code chunk number 12: RankProd.Rnw:224-225 ################################################### topGene(RP.out,cutoff=0.05,method="pfp",logged=TRUE,logbase=2,gene.names=arab.gnames) ################################################### ### code chunk number 13: RankProd.Rnw:253-256 ################################################### ##identify differentially expressed genes RP.adv.out <- RPadvance(arab,arab.cl,arab.origin,num.perm=100, logged=TRUE,gene.names=arab.gnames,rand=123) ################################################### ### code chunk number 14: RankProd.Rnw:260-261 ################################################### plotRP(RP.adv.out, cutoff=0.05) ################################################### ### code chunk number 15: RankProd.Rnw:284-285 ################################################### data(lymphoma) ################################################### ### code chunk number 16: RankProd.Rnw:316-323 ################################################### refrs <- (1:8)*2-1 samps <- (1:8)*2 M <- lym.exp[,samps]-lym.exp[,refrs] colnames(M) cl <- c(rep(0,4),rep(1,4)) cl #"CLL" is class 1, and "DLCL" is class 2 RP.out <- RP(M,cl, logged=TRUE, rand=123) ################################################### ### code chunk number 17: RankProd.Rnw:325-326 ################################################### topGene(RP.out,cutoff=0.05,logged=TRUE,logbase=exp(1)) ################################################### ### code chunk number 18: RankProd.Rnw:369-373 ################################################### arab.cl2 <- arab.cl arab.cl2[arab.cl==0 &arab.origin==2] <- 1 arab.cl2[arab.cl==1 &arab.origin==2] <- 0 arab.cl2 ################################################### ### code chunk number 19: RankProd.Rnw:376-379 ################################################### Rsum.adv.out <- RSadvance(arab,arab.cl2,arab.origin,num.perm=100, logged=TRUE,gene.names=arab.gnames,rand=123) topGene(Rsum.adv.out,cutoff=0.05,gene.names=arab.gnames) ################################################### ### code chunk number 20: RankProd.Rnw:383-384 ################################################### topGene(Rsum.adv.out,num.gene=10,gene.names=arab.gnames) ################################################### ### code chunk number 21: RankProd.Rnw:387-388 ################################################### plotRP(Rsum.adv.out,cutoff=0.05) ################################################### ### code chunk number 22: RankProd.Rnw:394-396 ################################################### RP.adv.out <- RPadvance(arab,arab.cl2,arab.origin,num.perm=100, logged=TRUE,gene.names=arab.gnames,rand=123) ################################################### ### code chunk number 23: RankProd.Rnw:399-400 ################################################### topGene(RP.adv.out,cutoff=0.05,gene.names=arab.gnames)