### R code from vignette source 'vignettes/DECIPHER/inst/doc/DECIPHERing.Rnw'

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### code chunk number 1: startup
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library(DECIPHER)


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### code chunk number 2: expr1
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# access a sequence file included in the package:
gen <- system.file("extdata", "Bacteria_175seqs.gen", package="DECIPHER")

# connect to a database:
dbConn <- dbConnect(SQLite(), ":memory:")

# import the sequences into the sequence database
Seqs2DB(gen, "GenBank", dbConn, "Bacteria")


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### code chunk number 3: expr2
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BrowseDB(dbConn)


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### code chunk number 4: expr3
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l <- IdLengths(dbConn)
head(l)
Add2DB(l, dbConn)
BrowseDB(dbConn, maxChars=20)


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### code chunk number 5: expr4
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r <- IdentifyByRank(dbConn, add2tbl=TRUE)
BrowseDB(dbConn, maxChars=20)


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### code chunk number 6: expr5
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dna <- SearchDB(dbConn, id="Firmicutes")
BrowseSequences(subseq(dna, 140, 240), colorBases=TRUE)


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### code chunk number 7: expr6
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d <- DistanceMatrix(dna, verbose=FALSE)
c <- IdClusters(d, method="complete", cutoff=.02, showPlot=TRUE, verbose=FALSE)


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### code chunk number 8: expr7
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dbDisconnect(dbConn)


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### code chunk number 9: sessinfo
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toLatex(sessionInfo(), locale=FALSE)