### R code from vignette source 'vignettes/AnnotationDbi/inst/doc/IntroToAnnotationPackages.Rnw'

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### code chunk number 1: loadChip
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library(hgu95av2.db)


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### code chunk number 2: listContents
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ls("package:hgu95av2.db")


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### code chunk number 3: show
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hgu95av2.db


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### code chunk number 4: cols
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cols(hgu95av2.db)


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### code chunk number 5: help (eval = FALSE)
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## help("SYMBOL")


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### code chunk number 6: keytypes
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keytypes(hgu95av2.db)


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### code chunk number 7: keys
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head(keys(hgu95av2.db, keytype="SYMBOL"))


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### code chunk number 8: selectChip
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#1st get some example keys
k <- head(keys(hgu95av2.db,keytype="PROBEID"))
# then call select
select(hgu95av2.db, keys=k, cols=c("SYMBOL","GENENAME"), keytype="PROBEID")


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### code chunk number 9: selectOrg1
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library(org.Hs.eg.db)
cols(org.Hs.eg.db)


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### code chunk number 10: selectOrg2 (eval = FALSE)
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## help("SYMBOL") ## for explanation of these cols and keytypes values


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### code chunk number 11: selectOrg3
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keytypes(org.Hs.eg.db)
uniKeys <- head(keys(org.Hs.eg.db, keytype="UNIPROT"))
cols <- c("SYMBOL", "PATH")
select(org.Hs.eg.db, keys=uniKeys, cols=cols, keytype="UNIPROT")


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### code chunk number 12: selectData
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load(system.file("extdata", "resultTable.Rda", package="AnnotationDbi"))
head(resultTable)


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### code chunk number 13: selectOrgData
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annots <- select(org.Hs.eg.db, keys=rownames(resultTable),
                 cols=c("SYMBOL","GENENAME"), keytype="ENTREZID")
resultTable <- merge(resultTable, annots, by.x=0, by.y="ENTREZID")
head(resultTable)


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### code chunk number 14: selectGO
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library(GO.db)
GOIDs <- c("GO:0042254","GO:0044183")
select(GO.db, keys=GOIDs, cols="DEFINITION", keytype="GOID")


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### code chunk number 15: selectTxDb
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library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene)
txdb <- TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
txdb
cols(txdb)
keytypes(txdb)
keys <- head(keys(txdb, keytype="GENEID"))
cols <- c("TXID", "TXSTART")
select(txdb, keys=keys, cols=cols, keytype="GENEID")



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### code chunk number 16: SessionInfo
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sessionInfo()